实验材料
cDNA样本:通过上游反转录反应得到的cDNA。
荧光定量试剂:Cat#N132034,可示踪qPCR染料法预混液(No/Low/High Rox)
其他试剂:RNase-free H2O、相关基因上下游引物(储存浓度10 μM)。
设备与耗材:移液器、qPCR仪、冰盒、离心机、RNase-free八连排、RNase-free离心管。
实验步骤
1.试剂&样本前期准备
试剂解冻和混匀:
1)从冰箱中取出:
从-20℃冰箱中取出含酶试剂,立即放入冰盒中(冰上操作)。【注意】避免将试剂直接放在室温下解冻,以免温度波动影响酶的活性。
2)缓慢解冻:
让试剂在冰上自然解冻,通常需要5-10分钟。如果需要快速解冻,可以将试剂握在手中轻轻摇晃,但不要过度加热。
3)轻轻颠倒混匀:
解冻后,将试剂管轻轻上下颠倒几次,使试剂充分混匀。【注意】避免剧烈震荡或涡旋混匀,以免破坏酶的活性。
4)低速离心:
将试剂管短暂离心(5-10秒,1000 rpm左右),使管壁和管盖上的液体集中到管底。离心后再次轻轻混匀,确保试剂均匀分布。混匀后的试剂应继续放在冰上,避免长时间暴露在室温下。
【注意】混匀时尽量避免产生气泡,气泡可能会影响酶的活性或实验结果的准确性。
2.模板稀释(若需要)
稀释步骤:
1)若需追踪模板,按以下步骤稀释:取1 μL 10×Dilution Buffer + 9 μL无菌超纯水 → 配制1×Dilution Buffer。用1×Dilution Buffer稀释cDNA至目标浓度(建议稀释至Ct值20-30的范围内)。
2)若无需追踪模板,直接用无菌超纯水稀释cDNA或者直接使用cDNA原液。
3.荧光定量PCR反应体系配置
常见的荧光定量仪器为96孔反应,大体分为12列×8行。举例说明:

【注意】:
a. 相对定量分析基因表达情况时,为排除样本和操作的影响,对数据进行归一化,需要有内参基因,例如GAPDH、β-actin等等。
b. 技术重复通常建议设置3孔,为保证后续取平均值或剔除异常值。当然根据自己的需求进行调整,设置2孔重复或者4孔重复均可。
c. 依据MIQE准则,NTC(阴性对照)建议设置,一方面用于污染风险判断,另一方面其也是一套实时荧光定量 PCR (qPCR) 实验设计及数据报告实践指南以及与发文共享实验信息的标准。
1)荧光定量PCR大体系配制
| 组分 | 单孔量 | 大体系配制建议 | 
| 可示踪qPCR染料法预混液 | 10 μL | 根据孔数n,选择n+1或者n+2总数(每孔18μL),配成一个大体系。 | 
| 正向引物(10 μM) | 0.4 μL | |
| 反向引物(10 μM) | 0.4 μL | |
| RNase-free H2O | 7.2 μL | 
以上述投入2μL cDNA模板检测不同样本基因1为例:
| 基因1检测组分 | 单孔量 | 21孔位大体系配制建议(22孔量) | |
| 可示踪qPCR染料法预混液 | 10 μL | 220 μL | 396 μL | 
| 正向引物(10 μM) | 0.4 μL | 8.8 μL | |
| 反向引物(10 μM) | 0.4 μL | 8.8 μL | |
| RNase-free H2O | 7.2 μL | 158.4 μL | |
将上述溶液依次加好后,将管盖盖严,用手轻弹管壁,使各组分充分混匀,再放入小型离心机,短暂离心1-2s,再次轻弹管壁(防止有气泡),瞬间离心(防止部分溶液沾到管壁上)并置于冰/冰板上。
【注意】如使用显踪剂建议模板投入体积控制在2-5 μL,以保证显踪效果,如使用cDNA母液建议投入体积控制在2 μL(反应体系的1/10)以内防止影响扩增效果。
2)上样体系配置
按照上机仪器选取对应耗材(八联排或96孔板)。
在对应耗材中按照布板依次分装18μL/孔步骤1)配置的大体系Mix。
在每个孔中加入2 μL对应模板。
| 基因1检测组分 | 单孔量 | 
| 步骤1)配置大体系Mix | 18 μL | 
| cDNA模板 | 2 μL | 
4. 荧光定量PCR上机运行
上机前,仔细检查管子,确保正上方管盖、管身没有记号笔染料,管内无气泡、管壁无液体。
若采用常规程序,则进行以下设置:
| 循环步骤 | 温度 | 时间 | 循环数 | 
| 预变性 | 95℃ | 2 min | 1 | 
| 变性 | 95℃ | 10 sec | 40 | 
| 退火/延伸 | 60℃(可根据引物TM值和目的基因的长度) | 30 sec | |
| 熔解曲线阶段 | 仪器默认设置 | 1 | |
【注意】不同荧光定量qPCR试剂核心的酶和Buffer组成都存在差异,对应说明书上的程序是该产品大多数情况下的最适反应条件,建议按照说明书的程序进行仪器设置,减少因用其他程序带来的数据偏差。熔解曲线程序可选用仪器默认程序。以ABI Q5常规程序为例,在进行程序设置时,确保在退火/延伸阶段和熔解曲线的升温阶段打开数据信号收集开关。
若采用快速程序,需确认仪器本身是否可以快速升降温,运行快速程序。以下以ABI Q5为例:
| 循环步骤 | 温度 | 时间 | 循环数 | 
| 预变性 | 95℃ | 30 | 1 | 
| 变性 | 95℃ | 3 sec | 40 | 
| 退火/延伸 | 60℃(可根据引物TM值和目的基因的长度) | 10 sec | |
| 熔解曲线阶段 | 仪器默认设置 | 1 | |
5. 结果判定
观察熔解曲线峰是否单一。
初步判断复孔间Ct值差距是否<0.5,或者进一步计算复孔间CT值STD是否<0.2。
内参基因Ct值尽量在14-25之内,不要过小也不要过大。
6. 数据分析
【注意】不要随意对下机数据进行取舍,实际计算时不可忽略小数点后的所有数字。
7. 不同类型仪器配套荧光定量试剂指南
| ROX类型 | 仪器品牌 | 仪器型号 | 
| No ROX | Bio-Rad | CFX96, CFX384, CFX Connect, iCycler iQ, iQ 5, MyiQ, MiniOpticon, Opticon, Opticon 2, Chromo4, C1000 Touch | 
| Roche | LightCycler 480, LightCycler 2.0, Lightcycler 96 | |
| ABI/Thermo/Life | PikoReal Cycler | |
| Qiagen Corbett | Rotor-Gene Q, Rotor-Gene 3000, Rotor-Gene 6000 | |
| Takara | Thermal Cycler Dice Real Time System TP700, TP800, TP850, TP900, TP950 | |
| Analytikjena | qTower 2.0, qTower 2.2, qTower 3G | |
| 翌圣生物 | Celemetor实时荧光定量PCR分析系统 | |
| 杭州博日 | LineGene 9600, LineGene K plus | |
| 宏石 | SLAN 96P, SLAN 96S, SLAN 48P | |
| 天隆 | Gentier mini, Gentier 32R, Gentier 48E/48R, Gentier 96E/96R, Gentier 48S | |
| Low ROX | ABI/Thermo/Life | 7500, 7500 Fast, ViiA 7, QuantStudio 1/3/5/6 Flex/7 Flex/12k Flex | 
| Stratagene | MX3000P, MX3005P, MX4000 | |
| High ROX | ABI/Thermo/Life | 5700, 7000, 7300, 7700, 7900, 7900HT,7900HT Fast, StepOne, StepOne Plus | 
产品推荐
| 产品归类 | 产品名称 | 货号 | 规格 | 
| 移液追踪,线性范围跨7个数量级,高性价比,优美曲线 | 2× Color qPCR Fluore Green Master Mix (No Rox) 可示踪qPCR染料法预混液(无ROX) | N132134 | 100 T/500 T | 
| 2× Color qPCR Fluore Green Master Mix (Low Rox) 可示踪qPCR染料法预混液(低ROX) | N132135 | 100 T/500 T | |
| 2× Color qPCR Fluore Green Master Mix (High Rox) 可示踪qPCR染料法预混液(高ROX) | N132136 | 100 T/500 T | |
| 无需调节ROX,全平台通用,快至46分钟完成定量,96复孔偏差Ct<0.2,优美曲线 | 2× Universal qPCR Fluore Green Master Mix (No ROX adjustment) 通用qPCR染料法预混液(无需调节ROX) | N132131 | 100 T/500 T/1000 T | 
